活性炭的吸附原理是：
在其顆粒表面形成一層平衡的表面濃度，再把有機物質(zhì)雜質(zhì)吸附到活性炭顆粒內(nèi)，使用初期的吸附效果很高。但時間一長，活性炭的吸附能力會不同程度地減弱，吸附效果也隨之下降。如果水族箱中水質(zhì)混濁，水中有機物含量高，活性炭很快就會喪失過濾功能。所以，活性炭應定期清洗或更換。
活性炭顆粒的大小對吸附能力也有影響。
一般來說，活性炭顆粒越小，過濾面積就越大。所以，粉末狀的活性炭總面積最大，吸附效果最佳，但粉末狀的活性炭很容易隨水流入水族箱中，難以控制，很少采用。顆粒狀的活性炭因顆粒成形不易流動，水中有機物等雜質(zhì)在活
性炭過濾層中也不易阻塞，其吸附能力強，攜帶更換方便。
活性炭的吸附能力和與水接觸的時間成正比，接觸時間越長，過濾后的水質(zhì)越佳。
注意：過濾的水應緩慢地流出過濾層。新的活性炭在第一次使用前應洗滌潔凈，否則有墨黑色水流出。
活性炭在裝入過濾器前，應在底部和頂部加鋪２～３厘米厚的海綿，作用是阻止藻類等大顆粒雜質(zhì)滲透進去，活性炭使用２～３個月后，如果過濾效果下降就應調(diào)換新的活性炭，
海綿層也要定期更換活性碳的效率需視很多的因素而定，水族箱的設缸時間越短，活性炭更換次數(shù)就需越頻繁（約一個月一次），設缸時間越久的水族箱，活性炭在水族箱中的有效時間就越久（約四個月以上）。
活性炭最好是放在網(wǎng)袋中然后再將它系緊固定。裝滿活性炭的袋子可以放在外部的過濾器中，或放在滴流式過濾器的水槽中。必要時，可以強迫全部的水流通過活性炭，但在某種情況下這會增加過濾器運轉(zhuǎn)的阻力并減低其效用。然而因為活性炭的作用非常的慢，所以建議采用部分的水流通過活性炭過濾器即可，這樣不會影響到過濾器的抵抗性。
這個方法的好處在于好氧性與厭氧性細菌可以同時生長在過濾器中，好氧性細菌可行氧化分解作用，而厭氧性細菌會在活性炭的無氧地帶，將硝酸鹽分解成氮氣。因此活性炭過濾材料會隨著時間，由化學的過濾性質(zhì)轉(zhuǎn)變?yōu)樯锏倪^濾性質(zhì)。